Après avoir testé des choses un peu brutales, comme le déplacement de fichiers de configuration d'Evolution afin de l'obliger à les recréer, j'ai finalement trouvé une petite méthode pour ceux qui, comme moi (et d'après mon parcours de forum, il y en a) ne peuvent pas se désinscrire et se réinscrire de leurs folders.

Je commence par éditer le compte et je le passe de IMAP4rev1 en IMAP4 tout court. Là, tous les dossiers sont visibles. Mais en allant dans les abonnements, on voit qu'ils ne sont pas tous cochés. Je les coche tous, je reviens en IMAP4rev1 et voilà, tout est là à nouveau.

Je ne connais pas les détails du protocol IMAP4, mais ça donne envie d'aller y jeter un coup d'oeil pour comprendre le pourquoi de cette bizarrerie.